A homunkuluszparadoxon egy filozófiai ellenmondás szerûség, ami a tudomány számos területén megjelenik, és kísértetiesen azonos érvelésformát, a regressus ad infinitum követi. Legtöbbször olyan elméletre vagy egy elmélet vitatott mondatára világítanak segítségével. Lényege annyi hogy az illetõ vitatott mondatból következik, hogy egy, az elmélet által vizsgált objektum az elmélet által meghatározott értelemben gyakorlatilag "tartalmazza önmagát".

Ilyen volt a régi korokban a preformizmus-tan, amely annyiból állt, hogy a középkori biológusok úgy vélték a petesejt és spermium felfedezése után, hogy gyakorlatilag a spermium egy kicsi ember, a homunkulusz. S ez mindösszesen annyit csinál az anyában, hogy egy "picit" megnõ. Tehát minden egyes spermium tartalmaz spermiumot, mert kifejlett "kicsi ember"-el állunk szembe, tehát kell hogy legyen benne spermium, viszont akkor neki is kell tartalmaznia egy kicsi embert, és így tovább... Végül olyan kicsi lenne a spermium, mint az elektron, vagy nála is kisebb, ami ellentmond a fizika törvényeinek. Tehát az elmélet hibás.

Ismert paradoxon gyûjtemény még Zénón paradoxonai, ezek közül az egyik legismertebb a fájnak hajtott kõ, és a nyílvesszõ.
A fájnak hajtott kõ esetében az történik, hogy ha pl 4 méterre állunk a fától, akkor az elhajított kõnek valamennyi idõ alatt meg kell tennie ezt az utat. Viszont fele út után még mindig vissza van az út fele, és ennek az útnak a fele után is vissza van még az útnak a fele, s bizony ennek az útnak (azaz 1 méter fele) is vissza van a fele. Gondolatvezetést gyakorlatilag a végtelenségig folytathatjuk, így kijelenthetjük hogy a kõ soha nem éri el a fát.
A nyílvesszõ esete a következõ. Vegyünk egy kilõtt nyílvesszõt, és nézzük meg egy pillanatba. Bármely idõpillanatban a nyíl egy adott ismert helyen tartózkodik, viszont mivel ennek a pillanatnak nincs idõbeli kiterjedése, akkor a nyílnak nincs ideje. Ha pedig nincs ideje, belátható hogy elmozdulása sincs, tehát a nyíl nem mozog, a mozgása csupán illúzió. A feloldás szerint pusztán azért, mert egy kimerevített pillanatban a nyíl állni látszik, nem mondhatjuk, hogy valóban nem mozog, mivel a nyugalom csak idõben elnyújtva értelmezhetõ. Ahhoz, hogy a nyíl nyugalmát ellenõrizzük, több különbözõ pillanatot kell vizsgálni, ezekben pedig a nyíl nyilvánvalóan különbözõ helyeken tartózkodik, tehát mozog. Viszont a nyíl különbözõ idõbeli különbözõ helyzetei és a sebessége között egzakt összefüggést állíthatunk fel a határérték-számítás segítségével. Attól, hogy a kiválasztott idõszelet hossza nullához tart, a megtett távolság és az eltelt idõ hányadosa (a sebesség) nem kell, hogy szintén nullához tartson. A valóságban egy véges, nem nulla értékhez konvergál: ez az érték a nyíl sebessége a kimerevített idõpillanatban.

Egy másik ismert probléma az Ismeretelmélet. Tegyük fel a kérdést, hogy hogyan érzékeljük a világot? Az igen egyszerû és naiv válasz az, hogy a külvilág tárgyairól egy kép, lenyomat keletkezik valahol az agyban, és ezt érzékeljük. Viszont akkor honnan tudjuk hogy keletkezett egy lenyomat? Tehát kell lenni valaminek ami errõl a lenyomatról képez egy másodlagos lenyomatot, de a másodlagos lenyomatról is kell egy harmadlagos hogy tudomást szerezzünk róla. Tehát mielõtt bármit is érzékelnénk, elõbb valami mást kellene hogy érzékeljünk, a végtelenségig.

Informatikának is vannak hasonló paradoxonjai, pl. a help paradoxon. Vegyük csak a Windows Helpet, ami arról ad információt hogy kell használni a Windows-t. Viszont a Windows Help ugyanazon a rendszeren üzemel, amirõl információkat szeretnénk megtudni, tehát készíteni kell a Windows Helpjérõl egy Helpet, ami viszont szintén azon a rendszeren futna ahol a Windows Help, tehát A help helpjérõl is kell egy help. S ez így folytatódik a végtelenségig, tehát kijelenthetjük: A rendszerhez nem értõ felhasználó soha a büdös életben nem fog tudni mit kezdeni a rendszerrel, ha a rendszer alkotói nem tudnak a rendszeren kívüli segítõ szolgáltatást nyújtani.

Gyakran használják egy elmélet vagy egy elmélet vitatott mondatának ellentmondásosságának megvilágítására; akkor alkalmazható, ha az illetõ vitatott mondatból következik, hogy egy, az elmélet által vizsgált objektum az elmélet által meghatározott értelemben "tartalmazza önmagát".